物語の主人公は、安海琉花。ハンドボール部に所属する中学生です。夏休み直前となった日の試合中、とある部員に足をかけられ、いちゃもんをつけられた琉花。琉花はそのお返しにと、その部員の顔に肘を打ちつけたところ、救急車が出動するまでの事態に。顧問に呼び出された琉花は、夏休み中の活動停止を言い渡されてしまいます。そんなこともあり、家に帰るのが嫌になった琉花は、ふと思い立って東京へ行くことに。

そこで海という少年に出会います。一方、琉花の父・正明が勤める水族館にて、世界各地の水族館から次々と魚が消える現象が発生していると情報が入ります。しかし魚たちは急にいなくなってしまうため、対処法も特にないと思い悩んでいたところ、正明の元へ琉花がいなくなったとの連絡が入ったのでした。迷いながらどうにか家に帰ってくることのできた琉花ですが、夏休みに突入するも、部活に行くこともできずでどこか落ち込み気味。

家にいるのも嫌なようすの琉花は、お酒を飲んでばかりの母・加奈子には“部活”だと嘘をついて、出かけることに。出かけるというのに、構わず次々と質問を投げかけてくる加奈子を無視し、玄関を出る琉花。自転車にまたがり、病院へ向かいます。琉花は夏休み前の試合でとある部員に足をかけられたときに怪我を負っていたのでした。医師にはまだしばらくは無理をしないようにと告げられるも、琉花は特に気にしていないようす。

一方、琉花が東京で出会った少年の海は、保護者であるジム・キューザックと共に正明が勤める水族館を訪れていたようす。しかし、ジムが目を離している隙に、海は1人でとある病院へと向かいます。その病室の1室は、カーテンで閉め切られて真っ暗になっており、さらに布を頭からかぶった少年がいました。海とその少年は親しいようすで、海はその少年に東京の海がどのようなようすだったのかをその少年に話しているのでした。

居心地が悪くて騒音しか聞こえなかったという海に対し、その少年は「よけいなものが多すぎるんだ」と言い、現在いるこの場所の感じとそっくりだと答えるのでした。そこで海はやっぱり逃げようとその少年に提案しますが、その少年は“この方法が間違っているのかわからないから、1度はやり遂げたい”と断るのでした。そんな話をしていたところ、ジムが海を迎えに病室へやってきました。

一方、病院を訪れた後に学校へ向かった琉花ですが、ハンドボール部が部活動に励んでいるところを見て、静かに立ち去ります。次に父の正明が勤める水族館へと向かう琉花は、通り雨に遭遇。道路が川のようになっている中で必死に自転車をこぎ続けていると、海が近くにいるのではないかという錯覚に陥っていました。無我夢中で自転車のペダルを回す琉花ですが、水族館に着く頃には空もすっかり晴れているのでした。

水族館についた琉花はもうすぐ閉館だから待っててほしいという正明に、大水槽を見ていていいかと頼み、さっそく水槽の前へと向かいます。ぼんやり水槽を眺めていると、そこ中にはあの謎の少年、海の姿が。琉花は、なぜ海がここにいるのかと疑問に思っていたところ、後ろからジムがやってきます。そこでジムは琉花に、海は海中で育ったのだと打ち明けます。

さらにそこへ現れた正明が、海は生まれてから2～3歳まで海の中でジュゴンに育てられたと説明。そのため皮膚が極端に乾燥に弱いとのことで、しばらくは水族館で預かることになったというのでした。その翌日。相変わらず部活に出れない琉花ですが、変わらずに学校へ向かいます。教室で机に突っ伏し、どうすれば部活に戻れるのかと悶々としている琉花。そんな琉花はふと思い立ち、机を教室の端の方へと寄せ始めます。

端に寄せたことで教室の真ん中にできた空間に寝転ぶ琉花。そんな時、足音が聞こえてきて焦る琉花ですが、そこへ現れたのは海。海は、人魂が来るから見に行こうと琉花を誘いに来たとのこと。人魂とは何なのか疑問に思いながらも、琉花は海と共に教室を後にします。途中でソフトクリームを買い、のんびり歩いている海と琉花。そこで琉花はなぜ自分そ誘ったのかと聞くと“琉花は同じニオイがするから”と海は答えるのでした。

海岸へやってきた海と琉花ですが、相変わらず“人魂”は現れません。待ち続け、ついには夜が近づくほどの時間になった頃、海にからかわれたのかもしれないと気づいた琉花。琉花は「もう暗いから帰る」と言おうとした瞬間、海は「来たよ！」と空を指します。見上げると、光の直線が空を横切っていきます。彗星なのか流れ星なのかと興奮気味に海に尋ねる琉花ですが、海は冷静に人魂だと答えます。

続けて琉花は「なぜ人魂が来るとわかったのか」と尋ねると、海は「人魂が見つけてほしいって…見つけてほしいって言ってたから」と何気なく言い、あんなに強く光っていたのはみんなに見てほしかったからだと説明するのでした。その説明を聞いた琉花はその人魂に自分を重ね、学校で海に見つけてもらったことが嬉しかったのだと、自分は誰かに見つけてほしかったのだと気付いたようすで、海へお礼を言うのでした。

そんな不思議な体験をした琉花ですが、正明から“夏の間、海と海の双子の兄である空の相手をしてほしい”と頼まれることに。海に興味津々の琉花は、その頼みを受け入れるのでした。そんな中、リュウグウノツカイなどの深海魚が浜辺へ打ち上げられることが多くなり…。以上が第1巻のあらすじやネタバレ、解説になります。